Khi trường THPT Chuyên Cao Bằng cóngôi trường mới của mình Công đoàn trường cũng được thành lập với 30 thành viên được biên chế thành 3 tổ. Sau 15 năm phát triển, đến năm học 2016 - 2017, tổng số công đoàn viên của nhà trường là 71 chia thành 6 tổ Công đoàn thuộc các tổ chuyên môn. Được sự quan tâm, chỉ đạo sát sao của Chi bộ Đảng và BGH nhà trường, sự tạo điều kiện Công đoàn cấp trên, Công đoàn trường THPT Chuyên Cao Bằng trong những năm qua đã đạt được một số thành tích đáng tự hào, xứng đáng là một đơn vị Công đoàn cơ sở xuất sắc, vững
mạnh của ngành giáo dục tỉnh Cao Bằng.
     Trong suốt 15 năm qua, Ban Chấp hành Công đoàn phối hợp với chính quyền Nhà trường làm tốt công tác tư tưởng, tuyên truyền, giáo dục trong cán bộ, giáo viên, nhân viên; tổ chức cho cán
bộ giáo viên, công nhân viên học tập đầy đủ các chỉ thị, nghị quyết của Đảng và pháp luật của Nhà nước, công văn hướng dẫn về việc thực hiện nhiệm vụ năm học của Sở GD&ĐT Cao Bằng và Bộ GD&ĐT, công văn của Công đoàn Ngành.
     Công đoàn luôn làm tốt công tác tuyên truyền sâu rộng trong cán bộ, giáo viên, nhân viên, học sinh tiếp tục thực hiện có hiệu quả các cuộc vận động: "Học tập và làm theo tấm gương đạo đức 
Hồ Chí Minh", "Nói không với tiêu cực trong thi cử và bệnh thành tích trong giáo dục", "Xây dựng trường học thân thiện, học sinh tích cực", "Mỗi thầy giáo, cô giáo là một tấm gương đạo đức, tự học, sáng tạo"; phong trào nữ CBGV "Giỏi việc trường - Đảm việc nhà". Và hiện nay Công đoàn trường và Ban giám hiệu đang đẩy mạnh thực hiện Nghị quyết số 29 của BCH TW Đảng khoá XI về "Đổi mới căn bản, toàn diện giáo dục & đào tạo, đáp ứng yêu cầu CNH - HĐH đất nước trong điều kiện kinh tế thị trường định hướng XHCN"...
     15 năm qua, để cùng nhà trường thực hiện tốt công tác dạy và học, Công đoàn trường đã luôn giám sát, động viên các công đoàn viên thực hiện tốt nhiệm vụ chuyên môn của mình như đảm bảo ngày công, giờ công, thực hiện nghiêm túc nề nếp ra vào lớp, soạn giảng giáo án đầy đủ, giờ dạy học có chất lượng cao, thường xuyên cập nhật các văn bản hướng dẫn về hình thức thi của Bộ Giáo dục và Đào tạo... Việc thực hiện tốt qui chế chuyên môn, nhất là sự nỗ lực phấn đấu của mỗi công đoàn viên đã góp phần không nhỏ vào những thành tích đáng kể mà trường THPT Chuyên Cao Bằng đạt được trong những năm vừa qua với nhiều giải HSG cấp Quốc gia, rất nhiều giải HSG cấp Tỉnh, cấp Huyện, tỉ lệ HS đỗ đại học luôn đứng đầu trong toàn tỉnh... 
     Bên cạnh đó, những năm qua Công đoàn trường cũng đã phối hợp với chính quyền tạo điều kiện thuận lợi cho hơn 20 đồng chí công đoàn viên đi học Cao học nâng cao trình độ chuyên môn ở trong nước và ngoài nước, nâng số lượng cán bộ giáo viên có học vị thạc sĩ lên 28 đồng chí, đạt tỉ lệ 50,9% trên tổng số giáo viên đang giảng dạy. Nhiều giáo viên của trường tham gia viết sáng kiến kinh nghiệm với nhiều giải pháp hay được Hội đồng khoa học cấp Ngành, cấp Tỉnh công nhận và đánh giá cao.
     Hơn một thập kỉ đã qua Công đoàn nhà trường đã luôn hoàn thành xuất sắc vai trò của một tổ chức bảo vệ quyền lợi chính đáng, hợp pháp của người lao động. Thực hiện tốt chức năng giám sát và phối hợp với chính quyền phổ biến và thực hiện đầy đủ, rõ ràng các chế độ, chính sách đối với CB, GV và HS; trả lương, nâng bậc lương cho cán bộ, giáo viên, công nhân viên đúng kỳ hạn, đề nghị nâng bậc lương trước thời hạn cho cán bộ, giáo viên đúng quy định. Năm học 2015- 2016, Công đoàn đã đề nghị nâng lương trước thời hạn cho 6 công đoàn viên và đã được xét duyệt.
     Việc quan tâm sâu sắc đến đời sống, tâm tư, nguyện vọng, tình cảm của các đoàn viên trong đoàn thể, động viên kịp thời cả tinh thần và vật chất với các đồng chí CB, GV, công nhân viên gặp nhiều khó khăn, bản thân ốm đau, bố mẹ già yếu, gia đình có việc hiếu, hỉ... luôn được Công đoàn trường chú trọng. Công đoàn còn tổ chức tốt sinh hoạt tập thể vào các ngày lễ lớn như 20/10, 20/11, 8/3..., tổ chức gặp mặt và tặng quà cho con em cán bộ, giáo viên, nhân viên đạt thành tích cao trong học tập, rèn luyện; tặng quà cho các cháu nhân dịp Quốc tế thiếu nhi 1/6, Tết Trung thu... Khen thưởng các tổ công đoàn và các cá nhân thực hiện tốt các phong trào thi đua, các cuộc vận động trong năm học... Những việc làm tuy nhỏ ấy đã góp phần tạo cho các cán bộ giáo viên trong trường yên tâm công tác tại ngôi trường đã trở thành một mái ấm đoàn kết, giàu tình thương.
     Phong trào Văn hóa - văn nghệ - thể thao trong nhà trường cũng được BCH Công đoàn coi trọng. Qua nhiều lần tham gia các cuộc thi Tiếng hát ngành Giáo dục, Công đoàn trường đã đạt được những thành tích đáng kể với nhiều giải A, giải B được Ngành Giáo dục trao tặng. Nhiều tiết mục của trường đã ghi được dấu ấn sâu đậm đối với người xem như tiết mục múa Hương xuân, Những cô gái Khơme, Múa Tày...; tiết mục đơn ca Vinh quang Việt Nam, hợp ca Bài ca người giáo viên nhân dân, Rạng rỡ Việt Nam... Đội bóng chuyền nam của nhà trường thường xuyên tham gia thi đấu giao lưu trong khối Thi đua và đạt các giải cao.
    Công tác giới thiệu đoàn viên ưu tú để Chi bộ Đảng bồi dưỡng kết nạp cũng trở thành nhiệm vụ thường niên của BCH Công đoàn. Trong những năm qua Công đoàn trường đã giới thiệu được 23 quần chúng xuất sắc được đứng trong hàng ngũ của Đảng góp phần giúp Chi bộ Đảng ngày càng phát triển về cả số lượng và chất lượng.
     Trong 15 năm qua, Công đoàn trường đã thực hiện rất tốt công tác ủng hộ, quyên góp, từ thiện do Tổng Liên đoàn Lao động Việt Nam, Liên đoàn Lao động tỉnh, Công đoàn Ngành phát động như các cuộc ủng hộ: Nghĩa tình Trường Sa, Hoàng Sa, Góp đá xây Trường Sa, "Góp một viên gạch xây dựng Khu tưởng niệm chiến sỹ Gạc Ma"; các quĩ Mái ấm Công đoàn, Vì phụ nữ công nhân viên chức nghèo, Hỗ trợ gia đình đồng nghiệp khi đồng nghiệp không may qua đời, Nghĩa tình biên giới Hải đảo... với tổng số tiền khoảng trên 80.000.000đ.
     Với những thành tích xuất sắc trong quá trình 15 năm hoạt động Công đoàn trường đã vinh dự được nhận Bằng khen của Tổng Liên đoàn Lao động Việt Nam 01 lần, 02 lần được nhận Bằng khen của Công đoàn Giáo dục Việt Nam, 06 lần được nhận Cờ thi đua và 04 lần nhận Bằng khen của Liên đoàn Lao động tỉnh Cao Bằng. Nhiều đồng chí là những công đoàn viên ưu tú được các cấp khen thưởng. Đã có 04 Bằng khen của Tổng Liên đoàn Lao động Việt Nam, 16 Bằng khen của Công đoàn giáo dục Việt Nam, 55 Bằng khen của Liên đoàn Lao động tỉnh Cao Bằng, 192 Bằng khen của Công đoàn Ngành Giáo dục Cao Bằng. Nhiều đồng chí được tặng Bằng khen đạt danh hiệu "Giỏi  việc nước, đảm việc nhà", danh hiệu "Gia đình nữ công nhân viên chức - lao động tiêu biểu"  như đồng chí Trần Thị Sơn Hà, Lương Thị Hoa. Có nhiều đoàn viên công đoàn hoạt động tích cực liên tục được Công đoàn cấp trên khen thưởng như đồng chí Đinh Trọng Dũng, Lương
Thị Hoa, Phan Thị Dinh, Trương Thúy Nga, Nguyễn Tố Uyên...
     Những thành tích đáng tự hào đó chắc chắn sẽ trở thành động lực để Công đoàn nhà trường tiếp tục thực hiện xuất sắc nhiệm vụ của mình vươn tới những thành tích cao hơn trong tương lai.